Molecular phylogeny of three desert truffles from Iran based on ribosomal genome

Document Type: Research Paper

Authors

1 Assistant Prof., Department of Plant Protection, School of Agriculture, Shiraz University, Bajgah, Shiraz 7144133111, Iran (E-mail: rmostofi@shirazu.ac.ir)

2 Ph.D. student,, Department of Plant Protection, School of Agriculture, Shiraz University, Bajgah, Shiraz 7144133111, Iran

3 Prof., Department of Plant Protection, School of Agriculture, Shiraz University, Bajgah, Shiraz 7144133111, Iran

Abstract

The ITS region including the 5.8S gene of rDNA of three desert truffle species were amplified using ITS4 and ITS1 primers. The ITS sequences were compared to those of other related authentic sequences obtained from GenBank. Among 12 specimens studied, seven isolates corresponded to Terfezia claveryi reported by other authors. Iranian T. claveryi specimens had an average similarity of 99.4% (range 98.7–100%) among themselves, while all T. claveryi sequences analyzed had an average of 95.2% (range 87.2–100%) similarity. Four specimens corresponded to Trimania pinoyi, being a sister taxon to Tirmania nivea, of whichonly one specimen could be studied. Iranian T.pinoyi specimenshad an average of 99.9% similarity (range 99.8–100%) among themselves, and 97.2% (range 93.1– 100%) between all T. pinoyi sequences compared. 

Keywords


Article Title [Persian]

فیلوژنی مولکولی سه گونه دنبلان کوهی از ایران براساس ژنوم ریبوزومی

Authors [Persian]

  • رضا مستوفی‌زاده قلمفرسا 1
  • صمد جمالی 2
  • ضیاءالدین بنی‌هاشمی 3
1 استادیار بخش گیاه‌پزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شیراز، باجگاه، شیراز، کد پستی 7144133111. (E-mail: rmostofi@shirazu.ac.ir)
2 دانشجوی دکتری بخش گیاه‌پزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شیراز، باجگاه، شیراز، کد پستی 7144133111.
3 استاد بخش گیاه‌پزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شیراز، باجگاه، شیراز، کد پستی 7144133111.
Abstract [Persian]

نمونه‌هایی از سه گونه دنبلان کوهی از مناطق مختلف جغرافیایی ایران جمع‌آوری شد. منطقه ITS شامل ژنS 8/5 از rDNA با استفاده از آغازگرهای عمومی ITS4 وITS1  تکثیر و توالی‌یابی شد. توالی‌های به دست آمده با سایر آرایه‌های معتبرِ مستخرج از بانک ژن مقایسه شد. در میان 12 نمونه مطالعه شده، هفت جدایه با نمونه‌های Terfezia claveryi گزارش شده توسط سایر محققان، مطابقت داشت. نمونه‌های T. claveryi ایرانی به طور میانگین 4/99% (با دامنه 7/98-100%) با یکدیگر تشابه داشتند، در حالی که میانگین تشابه کلیه T. claveryi های مورد مطالعه2/95% (با دامنه 2/87-100%) بود. چهار نمونه مطابق با Trimania pinoyi، به صورت آرایه خواهری Tirmania nivea خود را نشان دادند که از گونه اخیر تنها یک نمونه یافت شد. نمونه‌های T. pinoyi ایران دارای 9/99% میانگین تشابه (با دامنه 8/99-100%) در بین خود و 2/97% (با دامنه 1/93-100%) میانگین تشابه در بین کلیه توالی‌های مورد مقایسه بودند. 

Keywords [Persian]

  • آسکومیکوتا
  • فیلوژنی
  • قارچ‌ریشه‌های برونی
  • توالی‌های جداکننده نسخه‌برداری شده داخلی